Indemnisation des agents en congé maladie en France.
Quelles sont les conditions d’indemnisation des agents en congé de longue maladie et de grave maladie ?
Dans cet article, nous parlerons des modalités d’indemnisation en cas de congé de longue maladie et de congé de grave maladie (CLM et CGM) dans la fonction publique en France en 2025.

Le décret du 27 juin 2024 est applicable aux fonctionnaires de l’État, qu’ils soient titulaires1 ou stagiaires 2, aux magistrats de l’ordre judiciaire, aux magistrats administratifs et financiers et aux agents contractuels relevant du décret du
17 janvier 1986 susvisé.
La présente FAQ s’applique ainsi aux ministères et aux établissements publics de l’État, ainsi qu’aux autorités administratives indépendantes et aux groupements d’intérêt public, pour leurs agents qui ont la qualité de fonctionnaire ou qui relèvent du décret du 17 janvier 1986 susvisé.
Le dispositif est également applicable aux établissements publics locaux d’enseignement, aux établissements publics à caractère scientifique, culturel et professionnel et aux établissements publics à caractère scientifique et technique.
Elle précise également les modalités spécifiques de maintien des primes et indemnités pour les personnels de l’État et des établissements publics de l’État à caractère administratif en service à l’étranger.
Quelles sont les conditions d’indemnisation des agents en congé de longue maladie et de grave maladie ?
Le décret du 27 juin 2024 crée un nouveau régime de maintien de rémunération en cas de CLM et de CGM, pour les fonctionnaires de l’État, les magistrats judiciaires et des juridictions administratives et financières ainsi que les contractuels de la fonction publique de l’État 3.
Le traitement, les primes et indemnités sont maintenus selon les modalités présentées dans le tableau ci-dessous :

Quelles sont les conditions d’ancienneté pour l’indemnisation des agents contractuels en congé maladie?
D’une part, le décret du 27 juin 2024 a mis fin à la progressivité de la durée des congés de maladie avec l’ancienneté de l’agent contractuel. Ainsi, l’agent contractuel en activité peut désormais bénéficier de congés de maladie sur présentation d’un certificat médical après quatre mois de services continus, et pendant une période de douze mois consécutifs si son utilisation est continue ou au cours d’une période comprenant trois cents jours de services effectifs si son utilisation est discontinue (article 12 du décret du 17 janvier 1986 modifié).
D’autre part, et par cohérence, l’agent contractuel en activité peut désormais bénéficier d’un CGM sur présentation d’un certificat médical après quatre mois de services continus.
Comment s’appliquent les règles de maintien de salaire aux contractuels de l’État?
Pour les agents contractuels, la notion de traitement s’entend comme définie à l’article 2 du décret n° 85-1148 du 24 octobre 1985 modifié relatif à la rémunération des personnels civils et militaires de l’État, des personnels des collectivités territoriales et des personnels des établissements publics d’hospitalisation. Il s’agit donc de la part de la rémunération rattachée à un indice, quand le contrat le prévoit.
Dans ce cas, la part de la rémunération non indicée est assimilée à des primes et indemnités pour les agents contractuels, au sens du décret n° 2010-997 du 26 août 2010.
En revanche, pour les agents contractuels dont aucune part de rémunération n’est rattachée à un indice, l’ensemble de la rémunération est assimilé à du traitement, à l’exception des éléments de rémunération liés à des résultats professionnels et collectifs tels que mentionnés au second alinéa de l’article L. 713-1 du code général de la fonction publique.
Existe-il des spécificités liées au maintien de certains éléments de rémunération ?
L’article L. 822-8 du code général de la fonction publique prévoit que le fonctionnaire en CLM conserve ses droits à la totalité du supplément familial de traitement et de l’indemnité de résidence.
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S’agissant des contractuels, les dispositions des articles 9 et 10 du décret du 24 octobre 19857 précité sont applicables. L’agent contractuel en CGM éligible à l’indemnité de résidence ou au supplément familial de traitement bénéficie du maintien intégral de ces indemnités pendant toute la durée de son CGM.
En cas de CLM, la NBI est maintenue dans les mêmes proportions que le traitement tant que l’agent n’est pas remplacé dans ses fonctions. La NBI est ainsi maintenue à hauteur de 100 % la première année du congé de longue maladie et 60 % les deux années suivantes.
Quelles sont les primes et indemnités maintenues en cas de congé de longue maladie et de congé de grave maladie ?
L’article 2-1 du décret du 26 août 2010 rend applicables aux agents en situation de CLM ou de CGM, les dispositions relatives à l’assiette des primes et indemnités maintenues dans les situations de congés prévues à l’article 1er de ce décret.
Ainsi, les dispositions prévues au 2-2 du 2 de la circulaire n° BCRF 1031314C relative à l’application du décret n° 2010-997 du 26 août 20108 en ce qui concerne la typologie des primes et indemnités maintenues sont applicables au CLM et au CGM.
- les primes et indemnités dont le texte institutif prévoit un versement exclusivement après un service effectif ne sont pas intégrées dans l’assiette de maintien de rémunération pour les agents placés en CLM ou en CGM ;
- les primes de fonction dont le texte institutif prévoit qu’elles sont liées à l’affectation sur certaines fonctions, à l’exercice de certaines fonctions ou responsabilités particulières ou à la nomination dans un grade, sont quant à elles intégrées dans l’assiette de maintien de la rémunération ;
- la rémunération d’une activité accessoire, étant liée à un service effectif, n’est
- pas maintenue.